В данном слове ударение должно быть поставлено на слог с первой буквой И — шелушИли.
Девки чинно восседали по бортам саней и, уткнувши физиономии в рукава шубеек, пересмеивались, шелуши́ли семечки и в свою очередь орали песни.
— А. И. Эртель, Идиллия, 1883
А зимой собирали сосновые шишки, потом их шелуши́ли от семян и опять же сдавали в лесничество — глядишь и лишняя копеечка появлялась.
— Татьяна Вайдукова, Самая лучшая МАМА Земли. или хроники жизни в двух измерениях
Около двух недель, проходили тщательную подготовку орешки к продаже. Шелуши́ли шишки, жарили орешки, всё перевешивали и складывали в мешки.
— Л. В. Юрик, Улыбнись! Иронично-сатирические рассказы
Вначале наши люди просто шелуши́ли их и варили в воде, отчего у них болели желудки.
— Генри Мортон Стенли, В дебрях Африки