В таком слове ударение должно быть поставлено на слог с последней буквой Е — филогенЕза.
Неврология — это группа медико-биологических дисциплин, изучающих структуру и функцию нервной системы в норме и патологии и закономерности филогене́за и онтогенеза.
— В. Д. Рыжков, Позитивная неврология, 2013
Развитие рассматривают в процессе филогене́за и онтогенеза.
— Н. А. Мельникова, Социальная психология
В процессе филогене́за у млекопитающих развились и особенно крупные слюнные железы с одним или несколькими выводными протоками: подъязычная, заднеязычная, подчелюстная и околоушная.
— В. В. Фролов, Стоматология собак
В результате ряда изменений, происшедших в процессе филогене́за, у собак коронки зубов приобрели различную форму — гомодонтная (одинаковозубая) зубная система стала гетеродонтной (разнозубой).
— В. В. Фролов, Стоматология собак
Необходимо добавить, что последние находки предков человека возрастом более 6 млн лет поставили под сомнение и точность молекулярно-генетической датировки дивергенции внутри надсемейства, и многие гипотетические построения, представленные ранее разными авторами, ещё больше осложнив анализ филогене́за приматов.
— Н. А. Курчанов, Поведение: эволюционный подход, 2011