В данном слове ударение следует ставить на слог с последней буквой А — сепарАцию.
Напитаться симбиозом с матерью настолько, чтобы легко пройти сепара́цию.
— Марина Владимировна Склярова, Тюрьма под названием еда
Перевозчик несёт ответственность за правильное размещение, крепление и сепара́цию грузов на судне.
— Рудольф Левонович Хачатуров, Энциклопедия юридическая в 15 томах. Том 8 (К-Л)
Рассматривая сепара́цию в контексте интерперсональных отношений, можно отметить, что нормальная сепарационная тревога связана с болезненным чувством страха, возникающим тогда, когда эмоциональные отношения со значимым лицом из близкого окружения оказываются под угрозой или прерываются.
— Жан-Мишель Кинодо, Приручение одиночества. Сепарационная тревога в психоанализе, 1991
Но именно льды, который сегодня окутали почти всю планету, способны осуществить сепара́цию дейтерия, увеличив его концентрацию в водах океанов и снизить на материках.
— Владимир и Павел Стариковы, Эльза – богиня Лакотов. Фантастика