В данном слове ударение должно быть поставлено на слог с первой буквой И — сепаратИстскими.
На них победили политические партии и движения, выступавшие под националистическими и сепарати́стскими лозунгами.
— В. Г. Чичерюкин-Мейнгард, Кому наследует РФ?, 2010
Император отовсюду тесним внешними врагами и сепарати́стскими движениями.
— Е. Н. Трубецкой, Миросозерцание Блаженного Августина, 1892
Этой жёсткой системе подчинялась огромная страна с разноплемённым населением и стойкими сепарати́стскими тенденциями.
— Л. Н. Гумилев, Троецарствие в Китае, 1968
Консервация отсталости и бедности, наряду с вмешательством внешних сил, служит питательной средой для появления национальных движений (уйгуров, монголов, тибетцев), радикальные крылья которых используют этноконфессиональные противоречия для борьбы против пекинского руководства под сепарати́стскими лозунгами.
— И. И. Бурдукова, Культура и политические системы стран Востока, 2008
Однако надо иметь в виду, что наряду с сепарати́стскими происками есть и реальные вещи, по которым надо принимать решения.
— Анатолий Черняев, Союз можно было сохранить, 2007