В данном слове ударение должно быть поставлено на слог со второй буквой О — подкОркового.
Корка у сыров тонкая, без ощутимого подко́ркового слоя, сырная масса пластичная, при изгибе сравнительно легко ломается.
— Светлана Семенова, Вкусный сыр. Сулугуни, брынза, адыгейский, плавленый, копченый, 2016
Этим они принципиально отличаются от комиссур подко́ркового уровня, основной прерогативой которых является инициация динамики и вектора (вертикального и горизонтального) межполушарного взаимодействия.
— Мария Ковязина, Нейропсихологический анализ патологии мозолистого тела, 2012
Тут сказалась выработанная годами привычка абстрагироваться от окружающей среды и сосредотачиваться на рождающейся в сокровенных глубинах подко́ркового вещества неожиданной и заманчивой мысли.
— Вл. Николаев, Третий прыжок кенгуру (сборник)