В указанном выше слове ударение следует ставить на слог с буквой А — подгнивАли.
Крылья на спине переделанного медленно подгнива́ли.
— Чайна Мьевиль, Вокзал потерянных снов, 2000
Естественно, от близкого соседства земли доски пола подгнива́ли.
— Виктор Точинов, Все лики смерти (сборник), 2014
Искусство поэзии и театра, науки постепенно отмирали, демократия и право подгнива́ли – всё постепенно ухудшалось, вплоть до крушения великой цивилизации.
— Татьяна Александровна Борщевская, Россия – боль моя. Том 4
Корни памяти подгнива́ли и снова угрожали лопнуть, даже последние и самые, пожалуй, надёжные.
— Оксана Демченко, Вошь на гребешке
В пещере всё так же подгнива́ли водоросли, витал дух сырости и давно выпитой крови, попахивали чем-то костяной клинок и кожаная туника.
— Мария Токарева, Голод Рехи, 2019