В указанном выше слове ударение падает на слог с последней буквой О — микротОма.
С левой стороны микрото́ма располагается приспособление для равномерного поднятия подлежащего резанию объекта.
— Р. П. Самусев, Общая и частная гистология, 2010
С помощью микрото́ма можно получить тончайшие пластинки, которые называются срезы.
— Александр Николаевич Афонин, Теория и практика лабораторных гистологических исследований. Методические рекомендации для преподавателя по организации теоретических занятий
Основным достижением в разработке гистологической техники явилось изобретение микрото́ма.
— Александр Николаевич Афонин, Теория и практика лабораторных гистологических исследований. Методические рекомендации для преподавателя по организации теоретических занятий
В общем, чужого микрото́ма я не желала никогда.
— Владимир Дудинцев, Белые одежды, 1986