В таком слове ударения следует ставить на слог с первой буквой И и на слог с последней буквой И — мИкроорганИзмах.
О геологических эпохах, запечатленных слоями земной коры; о мириадах крохотных энтомологических органических существ, обнаруживаемых в пустотах земли, под сдвинутыми камнями, в ульях и курганах, о ми́крооргани́змах, микробах, бактериях, бациллах, сперматозоидах; о неисчислимых триллионах биллионов миллионов неосязаемых молекул, удерживаемых силами межмолекулярного сцепления в единой булавочной головке; о целой вселенной человеческой сыворотки[2012] с ее созвездиями красных и белых телец, которые сами суть целые вселенные пустого пространства с созвездиями иных тел, где каждое, по преемству, своя вселенная из делимых составляющих тел, из коих каждое вновь делимо на составляющие, опять-таки делимые, так что делимое и делитель все делятся и делятся, не достигая окончательного раздела, покуда, если достаточно продолжить процесс, нигде и никогда ничего достигаться не будет.
— Джеймс Джойс, Улисс
Амебка рассказывает с увлечением о ми́крооргани́змах.
— Леонид Пантелеев, Республика Шкид Сборник