В указанном выше слове ударение падает на слог с последней буквой О — заупокОйную.
Сначала будут служить отходную, а потом заупоко́йную.
— Виктор Гюго, Отверженные
Отец Ральф, в белом стихаре без кружев поверх строгой черной сутаны, отслужил заупоко́йную мессу.
— Колин Маккалоу, Поющие в терновнике
Перед этим крестом ставили на землю длинные ряды гробов, священник наскоро отпевал заупоко́йную литию, и вслед за тем носильщики торопливо разносили своих вечных гостей по глубоким мокрым ямам, зарывая их чаще всего в одну общую пространную могилу.
— Всеволод Крестовский, Петербургские трущобы
Там, в усыпальнице князей Заборовских, зарыли мы ящик с костями, а на другой день слушали заупоко́йную обедню и панихиду о упокоении души рабы божией княгини Варвары.
— Павел Мельников-Печерский, Княжна Тараканова и принцесса Владимирская
А теперь он слушал заупоко́йную службу как сообщение, непосредственно к нему обращенное и прямо его касающееся.
— Борис Пастернак, Доктор Живаго