В данном слове ударение должно быть поставлено на слог с первой буквой Я — гноЯщиеся.
Продавец поднял глаза, гноя́щиеся от хронического насморка.
— Джеймс Джойс, Улисс
Скарлетт была бы не прочь заслужить такое прозвище тоже, но для этого ей пришлось бы прикасаться к кишащему насекомыми белью раненых, лезть в глотку к потерявшему сознание, проверяя, не застрял ли там кусок жевательного табака, от чего больной может задохнуться, бинтовать культи и чистить от мушиных личинок гноя́щиеся раны.
— Маргарет Митчелл, Унесенные ветром
Представим себе чревоугодие, болезни, язвы и гноя́щиеся раны, наполняющие внутренности человека нечистоты, его животные страсти, неопрятность и злобу!
— Антонин Ладинский, Когда пал Херсонес. Анна Ярославна - королева Франции