В данном слове ударение следует ставить на слог с последней буквой И — гипотонИю.
Отсюда, чем младше ребёнок, тем более неблагоприятным прогностическим признаком при шоке следует считать артериальную гипотони́ю.
— А. А. Дроздов, Детская хирургия: конспект лекций
Лечим гипотони́ю и обнаруженный дисбактериоз.
— Марина Иванова, Письма из Коврова, 2015
Постуральную гипотони́ю считают неспособностью автономной нервной системы – части нервной системы, которая контролирует непроизвольные, жизненно важные процессы, такие как сердцебиение – адекватно реагировать на внезапные изменения.
— Ирина Вечерская, 100 рецептов при гипотонии. Вкусно, полезно, душевно, целебно, 2016
Во всех этих случаях гипотони́ю рассматривают как самостоятельное заболевание, и в случае, если она проявляется симптомами, мешающими нормальной жизни человека, борются непосредственно с пониженным давлением.
— Юрий Константинов, Высокое и низкое давление. Простые и эффективные способы лечения, 2012